误区之一：将公休日与制度工作日截然分开分别核算总的实际工作时间与加班时间。
　　
　　实行综合计算工时工作制，其工作时间不区分制度工作日与公休日。现实当中，有的单位按照标准工时工作制进行考勤，其典型的错误做法是：遇公休日或记加班支付双倍的加班工资，或记休息，造成工时工作制概念上的混乱，加大了工资成本支出。
　　
　　误区之二：逢公休日上班即支付200％加班费。
　　
　　实行标准工时制在公休日加班的可首先考虑安排补休。实行综合计算工时工作制的应连续计算考核总的实际工作时间，对于超过部分按延长工作时间处理。
　　
　　误区之三：支付加班费就合法。
　　
　　实行综合计算工时工作制在一个结算周期内，延长工作时间平均每月不得超过36小时。超过法定工时，即使“两厢情愿”，发生争议，也多对用人单位不利。